La CoPER elegge al proprio interno una Giunta di sostegno al Presidente composta da 2 rappresentanti degli EPR MUR e altri 2 rappresentanti degli EPR degli altri ministeri.
La Giunta istruisce su tutte le questioni di ordinaria e straordinaria amministrazione necessarie per le deliberazioni della Consulta, a eccezione di quanto espressamente attribuito dal presente Regolamento al Presidente o all’Assemblea generale. I componenti della Giunta possono assumere compiti specifici definiti dal Presidente o deliberati dalla Giunta stessa.
Il Segretario è nominato dal Presidente tra il personale degli Enti di Ricerca. Coadiuva il Presidente nell’istruire le questioni da portare all’esame della Giunta e dell’Assemblea generale e nel sovraintendere all’esecuzione delle relative deliberazioni.